第一输水道的工程预算大约需要125万日元，相当于当时京都府年度预算的两倍。
其财源包括国家为了振兴产业而拨出的产业基础资金、国家和京都府的补助金、京都市公债等，还有对京都市民特别征收的目的税。虽然也有过反对意见，但大部分市民为了京都的复兴都表示同意。由此可见市民对琵琶湖输水工程的期望之高。
这样，官民一体的伟大工程—琵琶湖输水工程于明治23年(1890年)终于完工。
进入明治30年代，第一任京都市长内贵甚三郎计划建设新的输水道工程。由于建设费用等问题，当时未能实现。第二任市长西乡菊次郎接手了该计划，并把它作为了“京都市三大事业”的重要一环，第二输水工程就开始动工了。
三大事业整体预算总额约为1,716万日元，是当时京都市税收的34倍。因此，像第一输水工程那样再次向市民征税是非常困难的。
于是，西乡市长在法国巴黎发行了4500万法郎的外债，并从外国银行和投资者那里筹集到了资金。又在瑞士追加发行了500万法郎的外债，以这些资金为基础开始了第二输水工程的建设。
在明治45年(1912年)完工的第二输水工程的实际总工程费是433万日元。